Klingoni - rasa válečníků, kteří si cení cti nad cokoliv jiného. Jako ostatní rasy v kvadrantech Alfa i Beta, se i Klingoni ubírali svou vlastní cestou a v jejím průběhu si získávali spojence i nepřátele.
V sedmém století našeho letopočtu klingonský válečník zvaný Velký Kahless Nezapomenutelný porazil tyrana Molora, sjednotil lid a založil Klingonskou říši. Naučil svůj lid, co to opravdu znamená být válečníkem. Když umíral, ukázal na hvězdu (nazývanou od té doby Kahlessova hvězda) na nebi a řekl, že z této hvězdy se jednou ke svému lidu vrátí. Kněží později založili kláštěr na planetě Boreth obíhající Kahlessovu hvězdu. Každý rok je Molorova smrt oslavována svátkem Kot'baval.
Roku 1372 byl Qo'noS napaden nájezdníky, nazývanými Hur'q. Hur'q zničili mnoho kulturních artefaktů a ukradli i Meč Kahlessův, legendární zbraň.
Roku 2069 umírá poslední klingonský císař. Když se o dvacet let dříve ujal vlády, přijal jméno největšího Klingona, který kdy žil – Kahless. Kahless zahynul v kapitánském křesle svého křižníku během poslední bitvy Klingonsko-romulanské války. Na jeho památku nebyl volen žádný jiný císař a vládu nad Říší převzala Klingonská nejvyšší rada.
První kontakt Klingonské říše se Spojenou Federací Planet se udál roku 2218. Naneštěstí první setkání lidí a Klingonů neproběhlo dobře a klingoni tak náhle nalezli další nepřátele.
Ve Star Treku se Klingoni poprvé objevili hvězdného data 3198.4. Hvězdná flotila se domnívala, že se Klingoni pokusí ovládnout Organianský systém. Klingoni skutečně přišli, vedl je komandér Kor. Hvězdná loď Enterprise, vedená kapitánem Jamesem T. Kirkem, byla vyslána, aby se s nimi setkala. Tento klingonský akt hrozil přerůst v mezihvězdnou válku. Obě strany však byly konfrontovány Organiany, kteří vypadali jako humanoidi, ale ve skutečnosti to byly bytosti z čisté energie. Organiané použili své síly k odvrácení války a také donutili obě strany k podepsání Organijské mírové smlouvy. Také předpověděli, že jednoho dne se Federace a Klingoni stanou spojenci...
Hvězdného data 4523.3 se pokusili Klingoni sabotovat federální kolonii na Shermanově planetě otrávením hybridní pšenice, která byla podle některých lidí k vývoji Shermanovy planety životně důležitá. Pšenice byla uložena na záákladně K-7, která vyslala nouzový signál pro USS Enterprise, aby tak předešla možné komplikace ze strany Klingonů. S pomocí posádky Enterprise, několika tribblů a cestovatelů v čase z budoucnosti, klingonský plán selhal. klingonský kapitán Koloth byl zanechán svému osudu s lodí plnou tribblů, hladových malých rozkošných zvířátek, která Klingoni nenávidí. Klingonský důstojník Hvězdné flotily z budoucnosti řekl, že Klingoni anihilovali domovinu tribblů (nepochybně slavné vítězství Říše ;-)).
Brzy poté Klingoni uzavřeli dohodu s Romulany o výměně technologie lodí D-7 za maskovací zařízení.
Hvězdného data 7412.6 byly tři klingonské křižníky třídy K'Tinga zničeny mocným žijícím strojem zvaným V'ger. Naštěstí pro Federaci měl admirál Kirk větší štěstí při kontaktování V'geru. Zhruba v tuto dobu porazili Klingoni díky komandéru Korovi Romulany v bitvě u Klach D'Kel Brakt.
Klingoni byli stále připraveni k úderu na Federaci, jak to dokázaly události okolo hvězdného data 8210.3. Dokonce zatímco běžely mírové rozhovory s Federací, klingonský komandér Kruge se pokusil odcizit tajemství federálního projektu Genesis, který mohl zničit život na planetě stejně jako vytvořit nový. Kirk byl při zastavování Klingonů úspěšný, ale za jakou cenu - admirál ztratil svého syna i loď. Smrt Davida Marcuse, jeho syna, zapříčinila v následujících letech Kirkovu nenávist ke Klingonům...
Hvězdného data 8454.1 byl Kirk degradován do hodnosti kapitána, ale jak byli Klingoni přesvědčeni, dokud nezemře Kirk, nebude mír s Federací. Mnoho Klingonů toužilo Kirka zabít a když byla Enterprise obsazena silami loajálními Vulkanci Sybokovi, mladý nerozumný Klingon se ho pokusil zabít.
Roku 2292 bylo za nejasných okolností ukončeno spojenectví mezi Klingony a Romulany. Dřívější spojenci se stali na více než 75 let hořkými nepřáteli...
Hvězdné datum 9521.6 se ukázalo být zlomovým bodem ve vztahu mezi Klingonskou říší a Federací. Klingonský měsíc Praxis explodoval a způsobil těžké poškození atmosféry Qo'noS. Říše neměla prostředky k nápravě neštěstí a její představitelé si uvědomili, že teď, kdy si Klingoni musí pomalu hledat novou domovinu, už si nemohou dovolit pokračovat v konfliktu s Federací.
Vyjednávání mezi dvěma velmocemi bylo brzy zahájeno a klingonský kancléř Gorkon souhlasil s cestou na mírové rozhovory na Zemi. Některé kruhy Říše i Federace však s tímto krokem nesouhlasily a naaranžovaly vraždu kancléře před příletem na Zemi. Z této vraždy byli obviněni kapitán James Kirk a jeho šéflékař Leonard McCoy. Oba důstojníci byli podle mezihvězdného práva uvězněni Klingony.
Kapitán Spock však zjistil, co se opravdu děje a podařilo se mu zachránit Kirka i McCoye. Navzdory intervenci prototypu klingonského dravce, schopného střelby i při maskování, posádky Enterprise a Excelsioru zabránily atentátu na prezidenta Federace, který chtěl pokračování mírového procesu...
Khitomerská konference byla počátkem mírového vztahu mezi federací a Říší. Mír se nezrodil přes noc, ale bylo ho dosaženo během několika následujících let. V utužování míru sehrála velkou roli i Enterprise-C pod velením kapitána Rachel Garrett, která roku 2344 pomáhala bránit klingonskou výspu na Narendra III před romulanskými silami. Enterprise-C byla skoro zničena, ale pro Klingony byla federální hvězdná loď bránící klingonskou výspu před zničením dostatečným důkazem, že Federace bude v následujících letech cenným spojencem.
Aby dokázali, že ještě nezmizeli ze scény, Romulané napadli roku 2346 klingonskou výspu na Khitomeru. Díky pomoci kolaboranta byl útok úspěšný a vyžádal si 4 000 životů.
Roku 2364 byla vypuštěna Enterprise-D, na jejíž palubě byl klingonský důstojník - mladší poručík Worf, syn Moghův.
Navzdory nové epoše míru, existovali Klingoni, kteří si mysleli, že svazkem s Federací přišla Říše o "zuby" (nebo snad tesáky?). Hvězdného data 41503.7 se Worf setkal se dvěma Klingony, kteří smýšleli tímto způsobem. Byl později nucen své klingonské bratry zabít, protože se pokusili převzít vládu nad Enterprise. Později, hvězdného data 42901.3, pomáhal Worf vypořádat se s několika dalšími Klingony, kteří si mysleli, že Federace je stále nepřítel. Posádka klingonské spací lodi T'Ong byla vyslána na misi před Khitomerskou mírovou smlouvou a probudila se ve federálním prostoru. Díky Worfovi a vyslankyni K'Ehleyr, se posádka T'Ong rozhodla vzdát, místo útoku na planety Federace. V tomto čase se také Worf blíže seznámil s K'Ehleyr...
Toho času byl zahájen program výměn důstojníků mezi Říší a Federací. Velitel Riker se tohoto programu zúčastnil od hvězdného data 42506.5. Navzdory nedorozumění se svým klingonským velícím důstojníkem, si Riker vedl dobře...
Hvězdného data 43685.2, přišel v rámci tohoto programu na palubu Enterprise komandér Kurn. kurn později vysvětlil Worfovi, že jsou bratři a jejich otec, Mogh, byl obviněn Klingonskou nejvyšší radou ze zrady svého lidu, když měl údajně předat Romulanům bezpečnostní kódy výspy na Khitomeru. Vyšetřování provedená posádkou Enterprise nakonec odhalila, že skutečným zrádcem byl Ja'rod, otec člena rady Durase. Rodina Durasů však byla velmi silná a vážená a pokud by byla odhalena pravda, vedlo by to k občanské válce a možná i ke konci mírové smlouvy s Federací. Aby tomu zabránil, Worf dobrovolně přijal obvinění a zneuctění od Klingonské říše...
Rok poté, hvězdného data 44246.3, se K'Ehleyr na palubu Enterprise vrátila se znepokojujícími zprávami – kancléř K'mpec, vůdce Klingonské nejvyšší rady byl pomalu tráven svými nepřáteli. K'mpec se obával, že kdokoliv provedl něco tak nečestného, by také mohl převzít vládu nad Říší a zatáhnout jí do občanské války. Požádal proto kapitána Picarda, aby vybral vhodného vůdce Klingonské říše, protože žádnému Klingonu nemohl důvěřovat. Kapitán měl rozhodnout mezi Durasem, který byl částečně odpovědný za Worfovo zneuctění, a Gowronem, nováčkem v klingonské politice. K'Ehleyr také Worfovi přivezla překvapení – jeho syna, Alexandra.
Během procesu ja'chuq (právo následnictví) explodovala bomba a téměř zabila oba kandidáty. Oba obviňovali toho druhého z umístění bomby, která se ukázala být romulanskou...
Když kvůli svému zneuctění odmítl Worf přijmout Alexandra jako svého syna, začala K'Ehleyr pátrat po důvodech Worfova zneuctění. Zjistila, že data týkající se útoku na Khitomer jsou zapečetěna a že je zapečetil Duras. K'Ehleyr si uvědomila, že skutečným zrádcem je Durasův otec a konfrontovala s touto pravdou Durase. To však z její strany byla velká chyba. Duras jí zabil, aby zakryl hříchy svého otce...
Nic nemohlo ubránit Alexandra od hrůzné pravdy, že je jeho matka mrtvá – Worf mu řekl, aby se "podíval a navždy pamatoval" – a nic nemohlo ochránit Durase od Worfova hněvu, když přišel na Durasovu loď. Pro Durase, syna Ja'rodova, to byl dobrý den na umírání. Worf byl později pokárán a Gowron, který už neměl ani jednoho protivníka, se stal novým vůdcem Klingonské říše.
Stále zde byli Klingoni, kterým se nelíbilo, jak "slabou" se Říše stala svazkem s Federací. Mezi nimi byl i klingonský xenobiolog J'Ddan, kteýr byl později shledán vinným z předání detailních plánů dilithiové komory Enterprise-D Romulanům. J'Ddan věřil, že Romulané jsou silnější a že by byli cenným spojencem pro jeho lid. A jak se ukázalo, nebyl jediným Klingonem, který tak smýšlel.
Romulanská říše v té době znásobila své úsilí, aby rozdělila Klingonskou říši a Federaci. Jeden takový pokus byl podniknut hvězdného data 44885.5, kdy byl Romulany unesen hlavní inženýr Enterprise-D Geordi LaForge. Ten byl Romulany proti své vůli donucen k pokusu o zabití Vagha, klingonského guvernéra pro oblast Kriosianských kolonií. Pokud by byl plán úspěšný, zasadil by tvrdý úder alianci Federace a Říše. Později bylo dokázáno, že klingonský vyslanec Kell pomáhal Romulanům tím, že přímo vysílal příkazy do LaForgeova mozku. I když tento romulanský pokus neuspěl, neznamená to, že se Romulani vzdali...
Hvězdného data 44995.3 byl kapitán Picard pozván, aby se zúčastnil uvedení Gowrona do funkce kancléře Nejvyšší rady. Enterprise byla zastavena Gowronem samotným. Věřil, že ostatní členové Durasova Domu plánují nějak znemožnit jeho nástup do funkce. Lursa a B'Etor, Durasovy sestry, objevily, že Duras měl syna, Torala, a pokusily se ho učinit vůdcem Nejvyšší rady (ženám nebylo podle Klingonského práva dovoleno zasedat v Nejvyšší radě). Jistí členové Nejvyšší rady byli přátelé a spojenci Durasova Domu a rozhodli se následovat Lursu a B'Etor. Nejvyšší rada byla rozdělena a brzy i celá Říše, díky občanské válce, která záhy následovala. Navzdory Gowronově formální žádosti Hvězdná flotila v odvolání na Základní směrnici do dění uvnitř Říše nezasáhla.
Během třech týdnů způsobily síly Durasova Domu těžké ztráty v řadách sil Gowronových. To se stalo navzdory zničení zásobní základny Durasova Domu v sektoru Mempa. Mnoho lidí podezřívalo členy Durasova Domu ze spojenectví s Romulany a tak kapitán Picard poukázal na možný konec mírového svazku Federace a Klingonů a vznik aliance Klingonů a Romulanů. Picard navrhl blokádu klingonsko-romulanské hranice za pomoci tachyonových paprsků, které měly odhalit i maskované romulanské lodě pokoušející se vstoupit na území Říše. Federace dala Picardovu plánu zelenou a blokáda byla brzy ustanovena.
Poté, co byl varován romulanskou velitelkou komandérem Selou, aby opustil prostor, Picard požádal Gowrona, aby zahájil útok na válečníky loajální Durasovu Domu. Útok proběhl a Lursa a B'Etor brzy požádaly své přátele s dlouhýma ušima o další konvoj zásob. Navzdory tomu, že Romulané narušili tachyonovou síť, byli brzy v klingonském prostoru zásluhou komandéra Data nalezeni. Jakmile se zprávy o spojenectví Durasova Domu a největších klingonských nepřátel rozšířily, jeho podpora opadla a válka byla ukončena. Romulani se vrátili domů, Lursa a B'Etor utekly a Worf ušetřil Toralův život. Moghův Dům byl konečně očištěn. O šest měsíců později Hvězdné flotila zjistila, že o její pomoci během války nepadla ani zmínka. Gowron si nechal všechnu slávu pro sebe.
Lursa a B'Etor se mezitím nevzdaly svého snu vládnout Říši. Sestry Durasovy shromažďovat majetek, aby se mohly pokusit o další převrat. jejich snaha je přivedla na bajoranskou stanici Deep Space 9. Zde prodaly bilitriové výbušniny bajoranskému teroristovi z organizace Kohn-ma, který chtěl vyhodit do vzduchu červí díru.
Hvězdného data 46852.2 se navrátil Velký Kahless Nezapomenutelný. Stalo se tak přesně jak kdysi řekl, v klášteře na planetě Boreth. Pozdější vyšetřování provedené Worfem a posádkou Enterprise-D odhalilo, že tento Kahless je vlastně jen klon, vytvořený kněžími z Borethu. Jako zdroj Kahlessovy DNA byla použita svatá relikvie. Navzdoru faktu, že je to jen klon, bylo Gowronovi jasné, že mnoho klingonů touží po duchovním vedení, které i klonovaný Kahless mohl poskytnout. Na Worfovu radu Gowron oznámil, že klonovaný Kahless může být všemi Klingony považován za pravého Kahlesse a byl prohlášen novým Císařem Říše. Politická moc však i nadále zůstala v rukou Gowrona a Nejvyšší rady.
O nějaký čas později, se Klingonští válečníci Kor, Koloth a Kang za pomoci Jadzie Dax úspěšně pomstili "Albinovi", který zabil prvorozené děti všech třech válečníků. Tuto vítěznou bitvu však z Klingonů přežil jen Kor.
Sestry Durasovy se později spojily s doktorem Tolianem Soranem. Soran potřeboval pomoc při svém návratu do Nexu, záhadného jevu, který nabízel radost a požitky každému, kdo do něj úspěšně vstoupil. Jako protihodnotu za tuto pomoc slíbil sestrám zbraň založenou na trilithiu, která by byla schopná zničit celý hvězdný systém. Naneštěstí pro Lursu a B'Etor se do jejich plánu zamíchala Enterprise-D a navzdory tomu, že Dravec sester způsobil Enterprise těžké poškození, byl nakonec zničen jediným fotonovým torpédem, když Worf využil slabiny ve warp cívkách Dravce. Enterprise-D však byla po tomto útoku zničena při kolapsu warp jádra.
Zhruba v tu dobu začala pro Alfa kvadrant vzrůstat další hrozba - Dominion. Říše se zajímala o přítomnost Měňavců-Zakladatelů v kvadrantu. Mnoho Klingonů bylo varováno, když vládu v Kardassianské Unii přejmula Civilní vláda. Klingonům se jen těžko věřilo, že podzemní hnutí na Kardassii Prima by mohlo převzít moc od silného Centrálního velitelství a Říše interpretovala změnu na Kardassii jako první krok plánu Dominionu, jehož cílem bylo převzetí moci nad celým kvadrantem. Tato paranoia byla jen přiživována těmi válečníky, kteří byli znuděni a zneklidněni z žití v míru s kýmkoliv - tvrdili, že Klingoni byli zrozeni k boji a dobývání, ne k provozování restaurací na bajoranských vesmírných stanicích...
Díky tlaku ze strany klingonských vojenských kruhů se Gowron rozhodl chránit klingonské zájmy v kvadrantu útokem a invazí na Kardassii. Pro operaci byla určena více než třetina flotily, vedená generálem Martokem. Našli se i Klingoni, kteří proti tomuto rozhodnutí protestovali, mezi nimi byli například císař Kahless a Worfův bratr Kurn, nyní už člen Nejvyšší rady...
Kapitán Sisko s pomocí nadporučíka Worfa objevil klingonské záměry a varoval Martoka, že nevyprovokovaný útok na Kardassii by pravděpodobně znamenal konec Khitomerské mírové smlouvy. Martok přesto vydal povel k útoku. Rada Federace odsoudila klingonskou invazi a jako odpověď na tento akt odvolal Gowron všechny vyslance z federálního prostoru, vyhostil obyvatele Federace z prostoru klingonského a - co bylo nejhorší - prohlásil Khitomerskou mírovou smlouvu za mrtvou...
Klingonská invazní flotila prolomila obranu kardassianské armády a pokračovala ve své pouti na Kardassii, aby převzala kontrolu a odstranila Civilní vládu. Díky Gul Dukatovi a kapitánu Siskovi vůdci civilistů unikli a skončili na DS9. Gowron a generál Martok zde požadovali jejich vydání, Sisko odmítl a DS9 se ocitla pod útokem klingonských úderných síl. Naštěstí pro DS9 a její posádku nechal kapitán Sisko modernizovat staniční obranné systémy pro případ, že by se Dominion rozhodl napadnout stanici. Ale osud chtěl, aby to byli Klingoni, kdo první zakusí, čeho jsou nové zbraně schopné...
Útok na DS9 skončil, když Sisko připomenul Gowronovi, že to je přesně to, co Měňavci z Gama kvadrantu chtěli - dřívější spojenci bojující proti sobě. Tato skutečnost a zpráva, že federální posily byly na cestě, přesvědčily Gowrona, aby odvolal útok na DS9 a invazi na Kardassii - navzdory připomínkám generála Martoka, že stále ještě mohou bitvu vyhrát. Klingonské síly od té doby přesto okupovaly několik světů na Kardassianském území. Nadporučík Worf byl vyhoštěn z Říše kvůli nepodporování invaze. Všechny pozemky a vlastnictví Moghova Domu byly zabaveny a Kurn byl vyhozen z Nejvyšší rady.
Gowron se vrátil na Qo'noS, přivolal zpět většinu svých jednotek a vyhlásil vítězství. Přikázal také svým lidem, aby začali znovu prosazovat klingonské zájmy v celém kvadrantu - to zahrnovalo i několik útoků na romulanské výspy podél klingonsko-romulanské hranice...
Zatímco si Říše upevňovala svou pozici na Kardassianském území, vydali se Worf, Kor a Dax do Gama kvadrantu, aby nalezli Meč Kahlessův. Trio bylo úspěšné, ale nepřipravené na skutečnost, že stejně jako by Meč mohl Říši sjednotit, mohl by jí i rozdělit, stejně jako když se proti sobě postavili Worf a Kor. Byli také nepřipraveni na příchod Torala, syna Durasova, který chtěl Meč odvézt zpět a získat tak vládu nad Říší. Dax mu v tom však zabránila a Meč pak byl vypuštěn do vzdálené části Gama kvadrantu, kde už snad Říši nezpůsobí žádné další problémy...
Říše pokračovala v posilování své pozice v Kardassianském prostoru. Klingoni dokonce napadli kardassiansko-bajoranskou konferenci a všechny zabili. Válečníci odpovědní za tento čin byli brzy vystopováni a zničeni spojenými silami Gul Dukata a majora Kiry Nerys. Gul Dukat při tomto útoku zajal klingonského Dravce. Dukat později vedl soukromou válku s Říší, protože mu Kardassianské centrální velitelství neposkytlo podporu, jakou chtěl.
Klingoni později ukázali Federaci, že se připravují na konflikt, když se hvězdného data 49556.2 pokusili odříznout Bajor pomocí maskovaných min. Jejich pokus selhal díky intervenci synů Moghových - Worfa a jeho bratra Kurna. Později, hvězdného data 49665.3, se Říše pokusila ukončit federální politiku doprovázení kardassianských transportů, když zinscenovalo nevyprovokovaný útok USS Defiant (pod velením nadporučíka Worfa) na klingonský civilní transport. pozdější vyšetřování prokázalo, že na palubě zničené lodě nebyli vlastně žádní občané klingonské národnosti...
Koncem roku 2371 byly ukončeny mírové rozhovory mezi Klingonskou říší a Federací - Říše byla uražena požadavkem Federace, aby se stáhla z prostoru Kardassie. Jako odpověď odvolal kancléř Gowron rozhovory a požadoval stažení Federace ze sektoru Archanis, oblasti, které se Říše vzdala už před stoletími.
Mezitím byl Odo, šéf bezpečnosti na DS9, donucen k návratu domů ke svým lidem - Zakladatelům Dominionu. Za nějaký čas během Velkého spoejní, byl Odo potrestán za zabití jiného Měňavce tím, že mu bylo dáno pevné tělo a jeho schopnosti mu byly odebrány. Po svém návratu na DS9 Odo oznámil, že věří, že kancléř Gowron byl nahrazen Měňavcem. V té době Gowron varoval Federaci, aby se do deseti dnů stáhla ze sektoru Archanis. Nesplnění požadavku by znamenalo válku...
O deset dní později byla Klingonská říše ve válečném stavu se svými bývalými spojenci. Říše, která odpověděla na Gowronovo volání do bitvy, postavila proti Federaci všechno, co měla. Hvězdná flotila sice Klingony zpomalovala, ale nic jiného. Následkem tohoto faktu a Odova podezření o skutečném původu Gowrona, byl úkol, který dostal kapitán Sisko hvězdného data 50013.9. Jeho cílem byla infiltrace Tiger Core, místa, kde se nachází Velitelství klingonské armády, a odhalení Gowrona jako Měňavce. Sisko a ostatní vyšší důstojníci z DS9 byli maskováni jako klingonští válečníci a s pomocí Gul Dukata a jeho Dravce se jim podařila inflitrace Tiger Core. Byli však objeveni generálem Martokem, vůdcem útoku na Kardassii, který se odehrál před rokem, a Sisko a jeho společníci byli zadrženi.
Tam Mertok sdělil Siskovi, že se také domnívá, že Gowron není Gowron. Generál řekl Siskovi, že kancléř nejdříve válku proti Federaci nechtěl, ale najednou se změnil a navzdory radám svých generálů do ní vytáhl. Martok také sdělil Siskovi, že všechny propustí, pokud budou souhlasit s tím, že Měňavce Gowrona zabijí. Sisko souhlasil a Worf a Měňavec, předstírající, že je Gowron, se proti sobě brzy postavili v boji na život a na smrt...
Právě před tím, než Worf zasadil smrtící úder (který měl dokázat, že Gowron je Měňavec), Odo objevil, že skutečným Měňavcem v klingonských řadách je ve skutečnosti generál Martok. Jakmile byl Odem prozrazen, byl Měňavec Martok zabit několika výstřely z klinhgonských disruptorů...
Tyto dramatické události vyústily v zastavení války. Gowron přizanl, že ho Martok dotlačil k zahájení války s Federací. Dominion doufal, že Sisko zabije skutečného Gowrona a Měňavec Martok se dostane k moci nad Říší a bude ve válce pokračovat. To by oslabilo jak Říši, tak Federaci a silám Jem'Hadarů by nestálo nic v cestě za ovládnutím Alfa kvadrantu...
Okolo hvězdného data 50560.1 posádka DS9 zjistila, že Jem'Hadarská invaze do Alfa kvadrantu je neodvratitelná. Díky válce s Federací, nebyla Říše schopná vyslat k DS9 flotilu lodí. Hvězdná flotily na tom nebyla o moc lépe, Romulané si stále léčili pošramocenou pýchu po masakru lodí tajné služby Tai'Shiar a Kardassianská flotila byla díky Měňavci Martokovi v troskách. Poté, co bylo vše důkladně probráno, bylo rozhodnuto, že musí být uzavřena červí díra. To se však díky zásahu Zakladatele na palubě DS9 nestalo a flotila Jem'Hadarských lodí vstoupila do Alfa kvadrantu...
Pak se věci zhoršily...
Gul Dukat oznámil, že před týdnem Kardassie souhlasila s připojením k Dominionu a Gul eskortoval Jem'Hadarské lodě na Kardassianské území. Jakmile sem Jem'Hadarové dorazili, vytlačili odtud klingonské síly, které kardassianský prostor okupovaly po minulých 18 měsíců. Dukat později prohlásil, že jedním z důvodů připojení k Dominionu bylo, že se chtěl konečně zbavit Klingonů. prohlásil také, že chce zpět vše, co jeho lidé ztratili, včetně stanice Terok Nor - DS9...
Zmasakrovaná klingonská flotila se stáhla do systému Bajor. Tady kapitán Sisko požádal Gowrona, aby zvážil znovupodepsání Khitomerské smlouvy - pokud by se Klingoni postavili Dominionu spolu s Federací, měly by oba spojenci větší šanci na přežití. Gowron souhlasil a dva nepřátelé se znovu stali spojenci. Je jen ironií života, že předpokládaná přítomnost Dominionu na Kardassii vedla k opuštění smlouvy a potvrzená přítomnost Dominionu na Kardassii vedla k jejímu znovupodepsání...
Brzy se u DS9 shromáždilo obrovské množství federálních a říšských lodí, připravených chránit stanici a Bajor před útokem Dominionu. Značný obdiv vyvolalo, když se k flotile připojili i Romulané. Zjistilo se, že ve skutečnosti neměla dorazit žádná flotila, ale že se Zakladatelé snažili zničit flotily i Bajor tím, že jeho slunce se mělo stát novou. Zakladatelský plán však selhal díky zásahu majora Kiry Nerys a nadporučíka Jadzie Dax. Později bylo zjištěno, že skutečný generál Martok je naživu a byl nahrazen Měňavcem před dvěma roky. Jakmile se skutečný Martok navrátil zpět do Alfa kvadrantu, stal se velitelem klingonských sil na DS9, které byly částí nové Khitomerské dohody.
Během následujících měsíců poslal Dominion pro své kardassianské přátele skrz červí díru čtyři konvoje. Hvězdná flotila si uvědomila, že je jen otázkou času, kdy se Dominion pokusí zabrat celý kvadrant. krátce po příletu dlašího konvoje hvězdného data 50975.2 začala Hvězdná flotila plánovat s Klingony útok na loděnice Dominionu v Kardassianském prostoru. Pokud by to Federace a Klingoni udělali, Dominion by byl natolik zaneprázdněn, že by kapitán Sisko mohl v klidu zaminovat červí díru. I když byly loděnice zničeny, byla za to zaplacena vysoká cena - Dominion obsadil DS9. Po roce válčení proti Federaci, vedla najednou Říše po boku Hvězdné flotily jinou válku - proti Dominionu...
Během následujících třech měsíců utrpěla Federace i Říše od Jem'Hadarů obrovské ztráty. Například Sedmá flotila ztratil přes 90 lodí během jednoho Jem'Hadarského útoku. Klingoni pokračovali v boji po boku svého spojence a musíme přiznat, že mnoho z nich bylo nedočkavých, aby mohli odpovědět na volání bitvy. Když se Hvězdné flotile donesla zpráva, že minové pole je skoro odstraněno, Hvězdnou základnu 375 opustily tři federální flotily, aby znovu obsadily Terok Nor. Tam se setkaly s velkou flotilou Dominionu a to co následovalo, byla nejvítěznější bitva! Hvězdná flotila nebyla na ochranu kvadrantu sama, k DS9 dorazila pomoci i velká klingonská flotila.
V průběhu bitvy se však Dominionu podařilo odstranit poslední zbytky minového pole. To byl okamžik, na který čekalo u červí díry v Gama kvadrantu 2 800 lodí Dominionu.
Když posily Dominionu putovaly červí dírou, byly zastaveny USS Defiant. Těsně před tím, než byl Defiant málem zničen, mimozemšťané z červí díry, známí jako Proroci Bajoru, měli rozmluvu se svým vyslancem, kapitánem Siskem. nechtěli, aby zemřel, ale nedovedli si představit, co by se stalo, kdyby posily Dominionu prošly červí dírou. Vyslanec je uvedl do situace a Proroci se rozhodli, že teď byl čas k akci - nechali všech 2 800 lodí Dominionu zmizet.
Jak do sektoru proudily další lodě Federace, Dominion se rozhodl stáhnout z DS9, zpět do Kardassianského prostoru. Klingoni a Federace vyhráli bitvu, ale válka ještě neskončila. Krátce poté byl velitelem Deváté flotily chránící DS9 jmenován generál Martok.
O nějaký čas později, Říše, díky pomoci Výzvědné služby Hvězdné flotily, objevila plán Dominionu na atentát na Klingonského velvyslance. Vlastní atentát mě vypadat, jako kdyby byl velvyslanec zavražděn Klingony a celou operaci měl provést Orionský syndikát, který se nedávno stal spojencem Dominionu. Díky Hvězdné flotile, byla Říše schopna zabránit velvyslanci, aby v brzké době navštívil Sto-Vo-Kor.
Dobré zprávy pro Klingony (a vlastně i pro celý kvadrant) dorazily, když Romulani porušily pakt o neútočení, který uzavřeli s Dominionem. Stalo se tak díky smrti senátora Vreenaka, který tento pakt s Dominionem uzavřel. Romulané se domnívali, že Dominion nechal Vreenaka zabít, takže napadli několik výsep podél hranice s Kardassií (tj. Dominionem). Možná by Romulany zajímalo, že ve smrti jejich senátora byli zainteresováni i kapitán Sisko a jistý kardassianský krejčí.
S koncem roku 2374 se Federace rozhodla, že je čas pro zahájení ostrého boje proti Dominionu. Jako příhodné místo pro zahájení invaze byla vybrán kardassianský systém Chin'toka, protože se v něm nacházelo jen několik základen Jem'Hadarských stíhačů. Klingoni byli více než sťastní, že mohli s touto ofenzívou Federaci pomoci. Krátce před tím, než spojenecké síly opustily prostor Bajoru, generál Martok řekl admirálu Rossovi a kapitánu Siskovi, že "... přístí rok touto dobou, budou tři z nás pít víno v místnostech Kardassianského centrálního velitelství!"
V prvních minutách útoku na Chin'toka způsobilo několik Jem'Hadarských stíhačů těžké škody klingonským silám, když provedli sebevražedné útoky na klingonské křižníky. Navzdory tomu a orbitální zbraňové platformě v oblasti, byla invaze úspěšná a Chin'toka byla spojenci převzata na konci roku 2374.
Roku 2375 navštívil DS9 Daharský mistr Kor a požádal Worf, aby mu pomohl vybojovat alespoň jednu poslední bitvu ve službách Říši, takže by jeho život končil tak, jako ho žil. Worf souhlasil, ale generál Martok odmítl. Worfovi se však nakonec podařilo pro Kora zajistit místo důstojníka na jedné z lodí Deváté flotily.
Následovala klingonská "nájezdní" mise vedená generálem Martokem. Vzal s sebou Kora, Worfa a pět Dravců, aby za nepřátelskými liniemi zaútočili na několik cílů, včetně hvězdné základny Dominionu. Mise však nevyšla podle plánu a Kor byl při dočasném velení zrazen svou slabou pamětí a touhou navrátit se zpět do vítězných dnů, kdy bojoval se svými přáteli. Později se však vykoupil, když zachránil klingonskou flotilu před zničením, když s jedním Dravcem napadl deset útočících Jem'Hadarských stíhačů. Zda Kor přežil, zůstává záhado do dnešních dnů. jeho pozůstatky nebyly nalezeny...
Štěstěna se v této válce přikláněla na obě strany, ale jedna věc je jistá - všichni válečníci Klingonské říše budou stále odpovídat na volání bitvy.